แต่หลังจาก โครงการแรก ประตูใหญ่ คือ "อุทกวิภาชประสิทธิ" กั้นแม่น้ำปากพนังก่อนลงสู่ทะเลสร้างเสร็จ และเปิดทำการเมื่อ 1 ตุลาคม 2542 ขณะที่ประตูอื่นๆ อาทิ เขื่อนเสือหึง กำลังก่อสร้างซึ่ง กั้นที่ชะอวด ทำให้ระบบไหลเวียนของน้ำตามลำคลองสาขาต่างๆ เริ่มเปลี่ยนแปลงไปจากธรรมชาติ ระบบนิเวศซึ่งเป็นรากฐานของอาชีพทำอยู่ ทำกิน กระทบหนัก และยิ่งโครงการล่าช้าหยุดชะงักบ่อยครั้ง ทำให้ชาวบ้านเริ่มได้รับผลกระทบจากระบบน้ำที่เปลี่ยนไป อาทิ น้ำไม่ไหลเวียนจนเน่า หรือท่วมขัง กลุ่มอาชีพทำนา หรือเลี้ยงกุ้ง อยู่ผิดโซนทำให้เสียประโยชน์ และโดยธรรมชาติความเป็นจริงน้ำที่นำมาเลี้ยงกุ้งนั้น เป็นน้ำผสมจากธรรมชาติ ซึ่งปริมาณเค็มจะน้อยมาก แต่น้ำทะเลที่เป็นสภาพเดิมตามธรรมชาตินั้น เค็มเกินไปไม่สามารถใช้ได้ การอพยพของปลาน้ำจืด-น้ำเค็มเพื่อวางไข่ถูกตัดขาด พืชในระบบน้ำแต่ละชนิดน้ำสูญหายหรือไม่ออกผลผลิตดั่งเดิม อาทิ ต้นจาก ซึ่งเป็นพืชน้ำกร่อย ไม่ออกรวง ไม่ออกน้ำ และ เกิดตะกอนทับถมขึ้นในลำคลองสูงมาก เนื่องจากระบบน้ำไม่ไหลเวียน และระดับน้ำใต้ดินขึ้นสูง ท่วมขังไม่แห้งตามฤดูกาล ทำให้ดินที่ใช้ทำนามีความเหนียวไถไม่ได้ เป็นต้น